As unidades prosódicas, por dependerem de variações de entoação e ritmo, não integram a análise fonológica, pois constituem fenômenos supralinguísticos que não interferem no reconhecimento dos fonemas e na estruturação do sistema.

A distinção entre fonemas deve ser identificada sobretudo a partir do modo como os sons se realizam fisicamente, já que são as propriedades acústicas, e não as relações de oposição abstrata, que garantem a função distintiva no sistema linguístico.

Em perspectiva fonológica, o fonema constitui-se como unidade abstrata cuja função se estabelece pela oposição significativa entre traços distintivos, de modo que suas variações fonéticas - embora perceptíveis na materialidade articulatória - não comprometem sua identidade funcional no sistema.

A classificação dos sons da fala segundo a abordagem fonética determina diretamente as relações funcionais entre os fonemas, já que a descrição articulatória é suficiente para explicar a oposição linguística e a organização estrutural do sistema sonoro.

Os fenômenos de alofonia indicam que cada realização sonora constitui um fonema independente, visto que qualquer alteração na forma articulatória de um som produz uma diferença estrutural que se reflete automaticamente na significação.