A integração interinstitucional do SUSP depende exclusivamente de convênios celebrados entre entes federativos, não havendo diretrizes vinculantes previstas em lei.

O intercâmbio de dados e informações no SUSP é restrito às corporações federais, sendo vedado o acesso às bases das polícias estaduais por questões de sigilo funcional.

A operacionalização do SUSP compreende ações conjuntas, intercâmbio de dados, planejamento cooperado e protocolos integrados, sob coordenação orientadora do MJSP.

A articulação entre os entes do SUSP exige prévia deliberação legislativa, sendo imprescindível autorização congressual para ações interestaduais e federativas.

A hierarquia institucional do SUSP deve observar o critério de efetivo policial, cabendo a coordenação ao ente federado com maior contingente.