No campo da Evolução, a bioquímica comparada parte da ideia de que espécies evolutivamente próximas, descendentes de um ancestral comum, apresentam maior semelhança em sua composição química do que espécies mais distantes. Assim, as diferenças observadas na estrutura de uma proteína entre duas espécies refletem, na verdade, o número de mutações ocorridas no gene responsável por codificar essa proteína. Dessa forma, é possível afirmar que: