A aferição da massa exata permite determinar a fórmula molecular e os grupos funcionais da molécula.

A determinação da sequência de um peptídeo pode ser obtida através da análise dos íons y e b (nomenclatura de Roepstorff-Fohlmann-Biemann) gerados após fragmentação.

Os fragmentos de um íon e suas intensidades são sempre constantes, independentemente da técnica de fragmentação utilizada.

A técnica de fragmentação do tipo dissociação por transferência de elétrons (ETD) é especialmente utilizada para determinar fragmentos do tipo b em peptídeos, mais difíceis de serem obtidos por dissociação induzida por colisão (CID) ou dissociação induzida por colisão de alta energia (HCD).

A espectrometria de massas de múltiplos estágios (MSn) é especialmente apropriada para se obter informações estruturais de uma molécula. A partir do segundo estágio de fragmentação, é necessária a ativação da fragmentação por colisão de alta energia (HCD).