A APPCC só pode ser aplicada em indústrias de grande porte, enquanto as boas práticas de fabricação são aplicáveis a pequenos produtores.

A APPCC é o documento que deve comprovar, entre outros aspectos, o controle integrado de vetores e pragas urbanas, a capacitação profissional e o controle de higiene da empresa produtora de alimentos.

O MBP fornece apenas a descrição de como efetuar a limpeza e sanitização ao longo do processo de produção do alimento, independentemente da implementação da APPCC.

O MBP estabelece as condições higiênico-sanitárias e operacionais de funcionamento da empresa que produz alimentos, criando o alicerce necessário para que a APPCC seja eficaz e funcione corretamente.

O MBP é um documento opcional quando já se tem a ferramenta de APPCC implementada.