Sua fundação resultou de um projeto autônomo da elite local de Limoeiro do Norte, sem qualquer vínculo com instituições religiosas ou com a política nacional.

A criação da FAFIDAM decorreu de um movimento estudantil local em oposição à ditadura, tendo sido apoiada por setores progressistas da Igreja.

A FAFIDAM foi criada em um dos períodos mais dramáticos da história brasileira, vinculada à Diocese de Fortaleza, sob a liderança de Dom Aureliano Matos, articulada com a elite limoeirense.

Sua origem remonta à década de 1940, como desdobramento das políticas educacionais getulistas e não se relaciona diretamente ao contexto da Ditadura Civil-Militar.