Em um analisador do tipo ion-trap, íons produtos com razão massa/ carga (m/z) menor que aproximadamente um terço da m/z dos íons precursores não são identificados.

Os analisadores do tipo quadrupolo e TOF (tempo de voo) possuem a capacidade de analisar compostos dentro de um grande intervalo de massa (de pequenas moléculas a proteína intactas, de alguns a milhares de Daltons) e, por essa razão, funcionam muito bem acoplados em instrumentos híbridos do tipo Q-TOF.

Um espectrômetro de massas do tipo quadrupolo-TOF (QTOF) é um instrumento híbrido capaz de realizar experimentos com três ou mais estágios de fragmentação sequencial (MSn).

Os analisadores do tipo TOF e tipo orbitrap são analisadores de alta resolução, entretanto, o poder de resolução é inversamente proporcional à raiz quadrada da razão massa / carga sendo medida.

Uma vantagem do analisador do tipo orbitrap em relação ao analisador do tipo TOF é que o primeiro possui maior velocidade de aquisição de espectros.