A presença de regiões cristalinas induz a produção de inibidores fenólicos durante a etapa de hidrólise ácida, compostos estes que desativam o sítio catalítico das beta-glicosidases e interrompem a via fermentativa subsequente.

A alta cristalinidade da celulose forma uma rede compacta estabilizada por pontes de hidrogênio intermoleculares e intramoleculares, o que restringe fisicamente o acesso do domínio de ligação das enzimas ao núcleo da microfibrila, limitando a taxa de hidrólise.

A estrutura cristalina favorece a adsorção enzimática devido à maior área superficial específica dos cristais organizados em comparação com as regiões de celulose amorfa, acelerando significativamente a conversão da biomassa em açúcares fermentáveis.

A cristalinidade é irrelevante para o processo biotecnológico industrial, pois as celulases modernas de terceira geração possuem módulos de ligação a carboidratos capazes de dissolver instantaneamente qualquer estrutura cristalina ordenada.