No geral, íons Na+ precisam ser removidos das amostras, pois atrapalham a ionização por eletrospray. Entretanto, alguns métodos utilizam acetato de sódio para melhorar a ionização de lipídeos, carboidratos e outros compostos de difícil ionização, uma vez que esse sal favorece a formação de adutos de carga positiva, facilitando a detecção.

Para a ionização no modo negativo utilizando-se a técnica de eletrospray, uma mistura de solventes comumente empregada é tampão tris (Tris(hidroximetil)aminometano, 10 mM, pH 9, em água) e metanol, pois o tampão tris é básico e facilita a desprotonação, enquanto que o metanol auxilia na rápida evaporação para favorecer a ionização.

Na ionização no modo eletrospray, a sensibilidade da técnica pode ser aumentada ao se aumentar o diâmetro do capilar utilizado e o fluxo de solvente direcionado para o espectrômetro de massas.

Na ionização do tipo MALDI (ionização por dessorção a laser assistida por matriz), a amostra é irradiada com um laser de comprimento de onda na região do UV, que fornece a energia absorvida pela amostra, facilitando sua dessorção da matriz e ionização.

A ionização do tipo MALDI (ionização por dessorção a laser assistida por matriz) é muito utilizada para o rastreamento inicial de pequenos metabólitos (massa molecular < 300 Da) em amostras biológicas, pois permite a análise rápida de amostras contendo vários analitos sem separação cromatográfica.