Na pneumonia hospitalar, em que o paciente não está entubado, a busca do patógeno deve ser tentada, porém o uso da broncoscopia e LBA quantitativo é reservado àqueles que estejam estáveis do ponto de vista respiratório, e os antibióticos são escolhidos pela análise da microbiota do hospital.

Infiltrados pulmonares de outras etiologias podem ser distintos de forma razoavelmente precisa pelo padrão radiológico (consolidação versus opacidade intersticiais), e exames laboratoriais (Hemograma, PCR).

A pneumonia fúngica hospitalar é restrita aos imunodeprimidos e transplantados.

A PAVM bacteriana é causada praticamente apenas por bactérias multidrogas resistentes, e os antibióticos devem ser escolhidos de acordo com esse conceito.

Os vírus não são causa significativa de pneumonia nosocomial.