Inclui as bactérias, os parasitas, os vírus e fungos. O principal problema é causado pelas bactérias devido a sua capacidade de reproduzirem-se sobre o alimento até quantidades que adoeçam a pessoa que os consome ou até produzirem toxinas que causam a doença.

Este tipo de contaminação pode ocorrer de maneira acidental durante etapas, como o transporte, o armazenamento ou a elaboração propriamente dita, ao se permitir o contato de alimentos com substâncias tóxicas como os pesticidas, combustíveis, lubrificantes, pinturas, detergentes, desinfetantes ou outros.

Podem ser partículas de metal desprendidas por utensílios ou equipamentos, pedaços de vidro por ruptura de lâmpadas, pedaços de madeira procedentes de empacotamentos ou de estrado, anéis, canetas, pulseiras ou outros, todos os quais podem cair no alimento e contaminá-lo.

Este tipo de contaminação pode chegar através de pragas que pousam suas patas sobre o alimento ou têm contato com ele, como é o caso das moscas, formigas, baratas, ratos, ou também animais domésticos.