No canhão de elétrons, um filamento de hexaboreto de lantânio gera iluminação paralela com maior coerência temporal e espacial em comparação a um de tungstênio do tipo canhão de emissão por campo.

No painel de controle desse criomicroscópio, os parâmetros diâmetro do feixe (spot size), intensidade, foco e magnificação ajustam as correntes das lentes condensadoras (C1 e C2), da lente objetiva e das lentes projetoras, respectivamente.

O sistema da lente objetiva é responsável por focalizar o feixe de elétrons e gerar iluminação paralela.

No painel de controle, o botão difração (Diffraction) altera o sistema de projeção do microscópio para que o plano da imagem seja visualizado no sistema de detecção.

Para a visualização de amostras biológicas criopreservadas nesse microscópio, o ajuste da corrente das lentes objetivas tem que ser tal para que a amostra se encontre no foco.