Em uma varredura de íons produtos, todos os íons que produzem um íon fragmento específico são determinados.

Em uma varredura de íons precursores, os íons produtos resultantes da fragmentação de um determinado precursor são determinados.

Na varredura de perda neutra, os íons são monitorados em todo o intervalo de m/z, pelo primeiro (Q1) e terceiro (Q3) quadrupolos, mas Q3 monitora os íons com um deslocamento de massa constante em relação ao monitoramento em Q1. Esse deslocamento corresponde à perda de um fragmento neutro do íon precursor.

No monitoramento de reação selecionada (do inglês, SRM ou também conhecido pela abreviatura MRM), o primeiro quadrupolo (Q1) filtra precursores de um determinado m/z. Após a colisão com um gás inerte que ocorre no segundo quadrupolo (Q2), todos os fragmentos são analisados simultaneamente no terceiro quadrupolo (Q3).

Em um instrumento do tipo triplo quadrupolo, o segundo quadrupolo (Q2) é versátil e possui várias funções, podendo ser usado como célula de colisão, para análise de íons precursores e análise de íons produtos.