os órgãos seccionais são os órgãos ou entidades municipais, responsáveis pelo controle e pela fiscalização dessas atividades, nas suas respectivas jurisdições.

os órgãos locais são os órgãos ou entidades estaduais responsáveis pela execução de programas e projetos e pelo controle e fiscalização de atividades capazes de provocar a degradação ambiental.

o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis – IBAMA – e o Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade – ICMBio – são órgãos superiores do SISNAMA.

a Secretaria do Meio Ambiente da Presidência da República é o órgão central do SISNAMA.