No método de aquisição dependente de dados (do inglês, DDA), o instrumento alterna entre um espectro de varredura dos íons precursores que coeluem naquele tempo cromatográfico e a aquisição de espectros de fragmentação, onde o maior número possível de íons precursores é sequencialmente isolado e fragmentado.

No método de aquisição independente de dados (do inglês, DIA), todos os íons precursores em uma janela de m/z predeterminada são fragmentados ao mesmo tempo, o que leva a espectros de fragmentação (MS/MS) complexos, gerando muitos valores faltantes nas análises de dados.

Uma desvantagem do método de DIA em relação ao método de DDA é a necessidade do conhecimento prévio dos analitos de interesse. Entretanto, uma grande vantagem é a maior precisão na quantificação dos analitos.

O conhecimento prévio de uma lista de transições, incluindo íons precursores, bem como de seus fragmentos correspondentes é essencial para definir um experimento de quantificação direcionada (alvo, targeted, comumente chamado de monitoramento de reações em paralelo, do inglês, PRM) em instrumentos híbridos de alta resolução, tais como Q-TOF e Q-orbitrap.

Uma desvantagem de experimentos de quantificação direcionada (alvo, comumente chamado de monitoramento de reações em paralelo, do inglês, PRM) em relação a experimentos não direcionados é que existe a perda de sensibilidade devido aos passos sucessivos de filtro de massas (um para íons precursores e o outro para fragmentos).