A obrigação principal surge com o lançamento tributário, enquanto a obrigação acessória surge apenas após a notificação do contribuinte pelo auditor fiscal.

A obrigação principal tem por objeto a prestação de fazer ou não fazer algo no interesse da fiscalização, como emitir notas fiscais ou escriturar livros, enquanto a acessória tem por objeto o pagamento de tributo.

A obrigação acessória depende da existência válida da obrigação principal; se o tributo for isento ou imune, a obrigação acessória de emitir nota fiscal ou declarar desaparece automaticamente.

A obrigação acessória, pelo simples fato da sua inobservância, converte-se em obrigação principal relativamente à penalidade pecuniária (multa) decorrente do descumprimento, passando a ser exigida como crédito tributário.