Formas de interface para introdução de amostras no espectrômetro de massas utilizando-se a fonte eletrospray (ESI) são a cromatografia líquida, eletroforese em gel de poliacrilamida e eletroforese capilar.

Após a detecção do íon precursor no modo varredura (MS1), para ser possível a detecção dos fragmentos de uma molécula (espectro de MS2), é necessário aumentar a voltagem da fonte de ionização para gerar fragmentos na fonte.

Para a obtenção do íon molecular de compostos biológicos, pode-se utilizar ionização por elétrons (EI) e sua evolução, ionização por eletrospray (ESI), pois são métodos considerados brandos, não necessitam de derivatização e nem induzem a fragmentação das moléculas, além de ocorrerem a pressão atmosférica.

Moléculas neutras precisam ser ionizadas no analisador de massas para serem detectadas.

A fonte de ionização do tipo MALDI produz íons com poucas cargas (geralmente 1 ou 2), necessitando de um detector capaz de monitorar um intervalo de massas maior para detecção de moléculas com massa alta.