Compete à Gerência de Controle e Fiscalização de Serviços e Infraestruturas de Transporte Ferroviário de Cargas fiscalizar a execução dos contratos de concessão da exploração da infraestrutura rodoviária.

A fiscalização das atividades funcionais da ANTT, e a apreciação das representações que lhe forem encaminhadas relativamente à atuação dos servidores são competências da Corregedoria.

A Auditoria Interna, em conjunto com a Superintendência de Processos Organizacionais, responde por sistematização, acompanhamento e controle das informações requeridas pelos órgãos de controle do governo federal.

O controle da economicidade implica eficiência na gestão financeira e na execução orçamentária, consubstanciada na relação custo-benefício em contraponto à discricionariedade administrativa.

Como instrumento de controle, a ação popular poderá ser utilizada de forma preventiva ou repressiva contra a atividade administrativa lesiva ao patrimônio público.

O controle jurisdicional da administração pública é exercido a posteriori, ou seja, depois que os atos são realizados pelos demais poderes.

A aplicação das sanções por improbidade administrativa independe da aprovação ou rejeição das contas pelo órgão de controle interno ou pelo tribunal ou conselho de contas.

Além de verificar se os atos dos administradores estão em conformidade com as leis ou os regulamentos, as auditorias realizadas pelo Tribunal de Contas da União também avaliam o desempenho e os resultados da gestão pública.