Os métodos de tratamento terciário de efluentes, entre os quais se inclui o uso de filtros de carvão ativado, estão relacionados à remoção de nutrientes, agentes patogênicos e substâncias que dão cor à água, entre outros.

O sistema de lodos ativados consiste de uma massa biológica que cresce, flocula e é continuamente colocada, na ausência de oxigênio, em contato com a matéria orgânica do despejo líquido afluente ao sistema.

Os tanques de homogeneização e de ajuste de pH são utilizados no tratamento químico dos efluentes e têm por objetivo, respectivamente, a dissolução de compostos coloidais e a precipitação de metais.

As peneiras permitem a remoção de sólidos grosseiros, garantindo proteção à tubulação.

Para controlar as emissões de material particulado, podem ser usados sistemas secos, tais como filtros de manga e coletores mecânicos, e sistemas úmidos, como o lavador Venturi. Para conter as emissões de gases, são muito comuns o uso de combustores catalíticos, capazes de reduzir as emissões de monóxido de carbono, dióxido de carbono e hidrocarbonetos.

Menores emissões de poluentes podem ser obtidas por meio da adoção de processos industriais adequados, que reduzem a geração de poluentes e as perdas de combustíveis e matérias-primas, e de mudanças no estilo de vida, que reduzem o uso de transportes individuais, a produção de lixo e o consumo de energia.

Entre os poluentes da atmosfera, as dioxinas e os furanos estão entre os mais perigosos. São formados na queima de combustíveis fósseis e no processo natural de decomposição.

As fontes naturais de emissão de gases para a atmosfera incluem as erupções vulcânicas, a decomposição de animais e vegetais, a formação de metano em pântanos e os incêndios florestais. As fontes antropogênicas mais importantes na atualidade incluem a queima de combustíveis fósseis, a incineração de lixo e a fabricação de refrigeradores e aerossóis.

A camada de ozônio é importante para a proteção da biosfera porque reduz a incidência de radiação infravermelha na superfície terrestre. Entretanto, o ozônio atmosférico vem sendo destruído por reações com compostos que contêm cloro, como os clorofluorcarbonetos (CFCs), produzidos em atividades industriais.

Os principais poluentes atmosféricos podem ser materiais particulados ou gases e vapores. Os primeiros são partículas sólidas ou líquidas emitidas por fontes como veículos e indústrias, ou formadas na atmosfera. Os gases incluem monóxido e dióxido de carbono, óxidos de nitrogênio e de enxofre e nuvens transitórias de vapor, como os vapores orgânicos de gasolina ou de solventes.