O reduzido número de localizações e a distribuição ao acaso no genoma fazem dos microssatélites marcadores genéticos ideais, que constituem grande parte dos mapas de ligação da maioria das espécies de mamíferos.

Toda proteína é produzida a partir de uma informação contida na seqüência de um RNA mensageiro. Dessa forma, estudos de avaliação do perfil protéico podem substituir os estudos de avaliação do perfil de expressão de RNA mensageiro.

O uso de marcadores moleculares é especialmente útil no estudo de características limitadas pelo sexo.

Uma estratégia para a busca de marcadores moleculares é a abordagem de genes candidatos, em que são desenvolvidos marcadores anônimos para cobrir todo o genoma.

A possibilidade de uso de marcador molecular que identifique os indivíduos heterozigotos pode ser muito útil quando se trata de caso de interação alélica de dominância completa.

A técnica de RFLP (restriction fragment length polymorphism), que permite, entre outros, a identificação do genótipo heterozigoto, é considerada uma técnica codominante.

A eficiência de um marcador molecular de DNA depende da sua distância física até o gene que afeta a característica estudada.

Um dos pontos críticos no processo de obtenção de animais domésticos transgênicos é o controle dos níveis de expressão do transgene, principalmente quando se usa um gene com efeitos em vários órgãos do corpo, como o hormônio do crescimento.

A microinjeção de DNA em pronúcleo e a lipofecção são duas técnicas utilizadas para a produção de animais transgênicos de interesse zootécnico.

Apesar de permitir a manipulação da molécula de DNA, a tecnologia do DNA recombinante não tornou possível a criação de novas combinações gênicas, inexistentes na natureza até então.