O estoque de substâncias e medicamentos entorpecentes e psicotrópicos não pode ser superior às quantidades previstas para atender as necessidades de seis meses de consumo.

Os registros de medicamentos psicotrópicos e entorpecentes devem ser escriturados e mantidos no estabelecimento para efeito de fiscalização e controle, em livros de escrituração ou elaborados mediante sistema informatizado. O registro é efetuado por meio da DCB combinada com o nome comercial.

A prescrição de psicotrópicos e entorpecentes é acompanhada por um documento que notifica a receita, sendo utilizadas as cores amarelo e azul para diferenciá-los. Essa notificação de receita não é exigida para pacientes internados, porém a dispensação se fará mediante receita subscrita em papel privativo do estabelecimento.

A Portaria n.º 344 do Ministério da Saúde aprova o regulamento técnico sobre substâncias e medicamentos sujeitos a controle especial.

a seleção de medicamentos, atividade que está a cargo do farmacêutico, promovendo assim o uso racional do medicamento.

a priorização de formas farmacêuticas que possibilitem o fracionamento.

evitar a inclusão de associações fixas.

a escolha, dentro de um grupo de mesma ação farmacológica, de medicamentos com o mesmo perfil farmacocinético.

a inclusão de medicamentos com eficácia comprovada, baseada em ensaios clínicos controlados realizados em humanos.

No Brasil, a exemplo do que ocorre nos EUA e na Espanha, a estruturação da farmácia hospitalar se baseia em legislação específica, que determina seus padrões de funcionamento.