A administração de um instituto federal terá como órgãos superiores o colégio de dirigentes e o conselho superior.

A presidência do colégio de dirigentes será exercida pelo pró-reitor mais antigo, e a do conselho superior será exercida pelo reitor do instituto federal.

Cada instituto federal é organizado em estrutura multicampi, com proposta orçamentária anual identificada para cada campus e para a reitoria, incluindo, no que diz respeito a pessoal, encargos sociais e benefícios aos servidores.

O colégio de dirigentes, de caráter consultivo, será composto pelos pró-reitores e pelo diretor-geral de cada um dos campi que integram o instituto federal.

O conselho superior, de caráter consultivo, será composto por representantes dos docentes, dos estudantes, dos servidores técnico-administrativos, dos egressos da instituição, da sociedade civil, do Ministério da Educação e do colégio de dirigentes do instituto federal, assegurando-se a representação paritária dos segmentos que compõem a comunidade acadêmica.