Para a preservação de CTHs, ao produto celular final, acondicionado em uma bolsa especial, deve ser adicionada uma solução criopreservante contendo DMSO (dimethyl sulfoxide), albumina humana e solução fisiológica. Essa bolsa deve ser imediatamente colocada em um congelador programável controlado por computador.

O melhor doador de CTHs é aquele que possui antígenos que se assemelhem aos do receptor em seus loci A, B e D ou DRB 1, ou seja, aquele que tem antígenos HLA idênticos. Destaca-se ainda a necessidade de compatibilidade sanguínea pelo sistema ABO-Rh do doador e recepto

Após a coleta, em caso de incompatibilidade de grupos sanguíneos ou depleção de linfócitos, as CTHs devem ser manipuladas antes da infusão. Em caso de transplante autogênico, a amostra tem de ser criopreservada para posterior infusão.

A coleta de CTHs de medula ossea é realizada sob anestesia subdural e decúbito dorsal, e as punções, realizadas em cristas ilíacas posteriores; para cada transfusão, são aspirados de 2 mL a 5 mL de medula óssea.

Após a coleta, as CTHs são homogeneizadas em meio de cultura composto de salina e heparina, de onde devem ser imediatamente transferidas para bolsas de transfusão com a finalidade de impedir a coagulação da medula óssea.

As CTHs são caracterizadas por uma combinação específica de proteínas de superfície celular, e com auxílio de fluorescência são obtidas as células-tronco puras.

Com o objetivo de normalizar a hematopoese, o TCTH de cordão umbilical pode ser utilizado para substituição de células-tronco hematopoéticas normais a partir de células-tronco hematopoéticas obtidas de sangue de cordão umbilical.

Em um TCTH sem mieloblação, ocorre a destruição completa da medula óssea do receptor antes da infusão de células-tronco hematopoéticas obtidas do doador.

Um TCTH com mieloblação ocorre quando, para a realização de um transplante alogênico, são utilizadas altas doses de agentes citotóxicos no condicionamento pré-transplante.

Um TCTH é considerado alogênico quando as células-tronco hematopoéticas provem da medula óssea ou do sangue do receptor a ser transplantado.