Na esfera federal, os recursos financeiros, originários do orçamento da Seguridade Social, de outros orçamentos da União, além de outras fontes, serão administrados pelo Ministério da Saúde, através do Fundo Nacional de Saúde.

O Ministério da Saúde acompanhará, através de seu sistema de auditoria, a conformidade à programação aprovada da aplicação dos recursos repassados a Estados e Municípios. Constatada a malversação, desvio ou não aplicação dos recursos, caberá ao Ministério da Saúde aplicar as medidas previstas em lei.

As autoridades responsáveis pela distribuição da receita efetivamente arrecadada transferirão automaticamente ao Fundo Nacional de Saúde-FNS, observado o critério do parágrafo único deste artigo, os recursos financeiros correspondentes às dotações consignadas no orçamento da Seguridade Social, a projetos e atividades, a serem executados no âmbito do Sistema Único de Saúde-SUS

Os municípios terão plena autonomia em gerir os recursos advindos do Ministério da Saúde, junto com os recursos da própria prefeitura, por decisão do poder municipal.