Todos os municípios brasileiros devem realizar auditoria assistencial da produção de serviços de saúde, públicos e privados, sob sua gestão.

A atividade de auditoria geral do SUS, no âmbito federal, é atribuição da Secretaria de Vigilância em Saúde, sem prejuízo das atividades de controle e avaliação pertinentes a cada órgão ou entidade do Ministério da Saúde.

As diretrizes de auditoria do Ministério da Saúde incluem a observação do exame analítico e pericial da legalidade dos atos da administração orçamentária, financeira e patrimonial, bem como da regularidade dos atos técnicos profissionais praticados no âmbito do SUS por pessoas físicas e jurídicas integrantes ou participantes desse sistema.

Os órgãos do SNA exercem atividades de controle, avaliação e auditoria nas entidades privadas, com ou sem fins lucrativos, com as quais a respectiva direção do SUS tenha celebrado contrato ou convênio para realização de serviços de assistência à saúde.

A direção do SUS, em cada nível de governo, deve apresentar ao conselho de saúde correspondente relatório semestral detalhado, que contenha dados relativos aos recursos aplicados, às auditorias concluídas ou iniciadas no período, bem como à oferta e produção de serviços na rede assistencial própria, contratada ou conveniada.

Em face da organização federativa brasileira, compete ao âmbito federal do SNA a verificação das ações e dos sistemas exclusivamente vinculados à União, bem como dos serviços de saúde sob sua gestão.

O estabelecimento do Sistema Nacional de Auditoria (SNA) compete à direção nacional do SUS.

A auditoria médica em órgãos públicos brasileiros teve início na década de 80 do século passado, com a implantação do Sistema Único e Descentralizado de Saúde (SUDS).

Na cirurgia ambulatorial, sendo o tempo de permanência do paciente em internamento de, no máximo, 72 horas, os honorários médicos incluem apenas o valor do procedimento cirúrgico, acrescido de uma visita médica por dia de internação do paciente.

Em uma empresa de plano de saúde, a câmara de compensação constitui a operacionalização de pagamento do chamado intercâmbio compensatório, materializado no aumento do honorário médico proporcional à diminuição do custo com exames complementares.