A ANVISA dispõe de um órgão de participação institucionalizada da sociedade, denominado Conselho Consultivo. Esse é um órgão colegiado composto por doze membros, que incluem, entre outros, o ministro de Estado da Saúde ou seu representante legal, que o presidirá; dois representantes da comunidade científica, convidados pelo ministro de Estado da Saúde; e dois representantes de órgãos defesa do consumidor legalmente constituídos.

As diretorias ficarão sob a direção dos respectivos diretores, conforme deliberação da Diretoria Colegiada, podendo ser adotado rodízio entre estes, na forma que dispuser o regimento interno.

A Diretoria Colegiada da ANVISA é composta pelas seguintes Diretorias: de Serviços e Correlatos; de Medicamentos e Produtos; de Portos, Aeroportos e Fronteiras e Relações Internacionais; de Alimentos e Toxicologia; de Administração e Finanças.

A ANVISA tem por finalidade institucional a promoção da proteção da saúde da população, por intermédio do controle sanitário da produção e da comercialização de produtos e serviços submetidos à vigilância sanitária, inclusive dos ambientes, dos processos, dos insumos e das tecnologias a eles relacionados, bem como o controle de portos, aeroportos e fronteiras.

Uma das competências do Conselho Consultivo é opinar a respeito das propostas de políticas governamentais da área de atuação da ANVISA, antes do encaminhamento ao Ministério da Saúde.

A ANVISA, quanto a sua natureza administrativa, caracterizase pela sua dependência e subordinação financeira.

Um medicamento que não tenha em sua composição substância reconhecidamente benéfica do ponto de vista clínico ou terapêutico poderá ser registrado na ANVISA.

A Comissão Especial do Ministério da Saúde tem autonomia para dispensar os registros de imunobiológicos, inseticidas, medicamentos e outros insumos estratégicos quando adquiridos por intermédio de organismos multilaterais internacionais.

Durante todas as fases de produção, normalmente são gerados resíduos. Entre as atribuições da ANVISA estão incluídas a regulamentação, o controle e a fiscalização dos resíduos gerados.

Os medicamentos que utilizam materiais radioativos (radiofármacos) e também os radioisótopos para fins de diagnósticos in vivo estão sujeitos a controle e fiscalização sanitária da Comissão Nacional de Energia Nuclear (CNEN), eximindo-se a ANVISA dessas atribuições.