A água potável utilizada pelas farmácias magistrais, para produção da água purificada, objetivando a manipulação de medicamentos, deve contemplar os ensaios microbiológicos de contagem total de bactérias, de coliformes totais, de coliformes termorresistentes e da presença de Escherichia coli.

As matérias-primas vegetais, utilizadas na manipulação magistral, devem ser avaliadas em relação à caracteres organolépticos, à pesquisa de materiais estranhos, à umidade e cinzas totais, sendo que, nesse caso, não é necessária a pesquisa de contaminação microbiológica.

Uma alternativa para a farmácia magistral, na manipulação de cápsulas que contenham ativos sensíveis a meio ácido, é a utilização de ativos com revestimento gastrorresistentes.

A manipulação de cápsulas deve assegurar a uniformidade de peso e do conteúdo, o que pressupõe ensaios realizados periodicamente pela farmácia, podendo ser terceirizados.

Na manipulação de fórmulas farmacêuticas líquidas, é muito comum utilizar vitamina C e vitamina E como antioxidantes em, respectivamente, formulações oleosas e aquosas.

As farmácias magistrais devem realizar testes de controle de qualidade nas matérias-primas que serão utilizadas na manipulação de medicamentos, sendo a densidade um desses testes, utilizando-se o polarímetro para sua realização.

Durante o processo de fabricação de medicamentos, deve-se evitar a contaminação cruzada, que se caracteriza pela contaminação de determinada matéria-prima, produto intermediário, produto a granel ou produto terminado, com outra matéria-prima, produto intermediário, a granel ou terminado.

Os medicamentos similares possuem nome comercial ou marca e, para obter o registro junto ao órgão sanitário competente, devem ser aprovados nos testes de equivalência farmacêutica e de bioequivalência.

Nas farmácias magistrais, os equipamentos devem ser verificados diariamente, antes do início das atividades, por pessoal treinado, seguindo procedimentos e com a utilização de padrões de referência, fazendo-se o devido registro.

Os produtos farmacêuticos estéreis que possuem, em sua constituição, insumos farmacêuticos ativos sensíveis às técnicas de esterilização que utilizem calor seco ou úmido devem ser produzidos por técnica asséptica e esterilizados por filtração esterilizante.