Legibilidade, identificação do usuário, identificação do medicamento, concentração, dosagem, forma farmacêutica e quantidade, duração do tratamento, local e data da emissão, assinatura e identificação do prescritor, com o número de registro no respectivo conselho profissional, são os itens que devem ser observados pelo farmacêutico para avaliar uma prescrição.

Os medicamentos similares são cópias dos medicamentos de referência, mas, diferentemente dos genéricos, possuem marca e dispensam os testes de equivalência farmacêutica e bioequivalência.

As emulsões óleo em água, destinadas à administração parenteral, devem ser estéreis, apirogênicas e preparadas utilizando-se tensoativos com mínima toxicidade e com características predominantemente lipofílicas.

A farmácia magistral pode manipular medicamentos contendo fármacos citostáticos ou até mesmo fracioná-los, desde que todas as operações sejam realizadas em cabine de segurança biológica (CSB) Classe II B2, colocada em sala exclusiva para esse fim, com pressão positiva em relação ao ambiente adjacente.

As matérias-primas utilizadas para manipulação de medicamentos devem ser avaliadas no recebimento, respeitando-se as suas características físico-químicas, através da realização dos ensaios: caracteres organolépticos, pH, solubilidade, peso, volume, ponto de fusão e densidade.

A farmácia magistral pode transformar especialidade farmacêutica em caráter excepcional, quando da indisponibilidade da matéria-prima no mercado e da ausência da especialidade na dose e na concentração e/ou forma farmacêutica compatíveis com as condições clínicas do paciente de forma a adequá-la à prescrição.

Os medicamentos líquidos não estéreis são preparados na farmácia com água potável, que deve ser monitorada mensalmente, no que diz respeito à sua qualidade físico-química e microbiológica.

Medicamentos contendo fármacos de baixo índice terapêutico podem ser manipulados, desde que sejam tomados alguns cuidados com relação à pesagem do ativo, ou seja, a pesagem deve ser feita preferencialmente a partir de diluído do fármaco e excipiente com concentração definida, sendo indispensável uma dupla checagem da pesagem, uma delas feita pelo farmacêutico.

O medicamento de referência prescrito pode ser substituído pelo genérico equivalente, uma vez que os dois são intercambiáveis.

O medicamento genérico introduzido no país, através da Lei nº 9.787/1999, possui o mesmo princípio ativo em idêntica concentração, forma farmacêutica, veículos ou excipientes, via de administração, posologia e indicação terapêutica do medicamento de referência.