É um tipo de variação no qual as flutuações periódicas na ocorrência da enfermidade estão relacionadas com uma estação ou uma época do ano em particular.

Depende estreitamente da existência de susceptíveis, esse tipo de variação está menos estreitamente relacionado às condições ambientais, como alterações na densidade de hospedeiros e na dinâmica da população de vetores ou outro fator ecológico.

A peste bovina na África, que ocorre mais comumente na época da seca, porque os animais se agrupam ao redor de poças de água, aumentando a densidade populacional e facilitando a transmissão do agente etiológico é um exemplo desta variação.

A variação estacional é bastante comum nas doenças transmitidas por vetores. Nesse caso, a flutuação está na dependência da população de artrópodes, que pode variar conforme a época do ano.

Deve-se levar em consideração o nível endêmico da doença, pois o aumento substancial de casos em determinada época do ano pode ser confundido com um surto ou uma epidemia, quando, na verdade, pode tratar-se de uma Variação estacional. Devendo-se basear sempre no limiar epidêmico para o período considerado.