O repasse dos recursos do Programa Dinheiro Direto na Escola (PDDE) é feito anualmente pelo FNDE às contas bancárias das unidades escolares, cabendo a elas utilizar os recursos, de acordo com as decisões dos órgãos colegiados da escola.

Os recursos do PDDE podem ser utilizados para as seguintes finalidades: aquisição de material permanente; manutenção, conservação e pequenos reparos da unidade escolar; aquisição de material de consumo necessário ao funcionamento da escola; implementação de projeto pedagógico e desenvolvimento de atividades educacionais.

O valor do PDDE transferido a cada escola é determinado com base no número de alunos matriculados no ensino fundamental ou na educação especial estabelecido no Censo Escolar do ano em curso ao do atendimento.

As escolas públicas municipais, estaduais e do Distrito Federal encaminham a prestação de contas dos recursos do PDDE que lhes foram transferidos para as prefeituras ou secretarias de educação dos estados ou do Distrito Federal, conforme sua vinculação.