Entre os princípios e diretrizes da gestão dos cargos do Plano de Carreira está a qualidade do processo de trabalho.

A Instituição Federal de Ensino não goza de autonomia para avaliar a adequação do quadro de pessoal às suas necessidades, sendo essa uma atribuição exclusiva do MEC.

A Comissão Nacional de Supervisão do Plano de Carreira subordina-se diretamente à direção da Instituição Federal de Ensino.

Órgãos e entidades públicos vinculados ao Ministério da Educação que tenham por atividade-fim o desenvolvimento e aperfeiçoamento do ensino, da pesquisa e extensão e que integram o Sistema Federal de Ensino não serão consideradas instituições federais de ensino.

Uma das críticas feitas à Lei de Estruturação do Plano de Carreira dos Cargos Técnico-Administrativos em Educação, no âmbito das Instituições Federais de Ensino vinculadas ao MEC é a ausência de menção à possibilidade de concessão de bolsas de pesquisa.