O Procurador-Chefe será nomeado por indicação do Ministro da Justiça.

A administração da AEB cabe a um Presidente, indicado pelo Ministro de Estado da Ciência e Tecnologia e nomeado pelo Presidente da República.

A nomeação do Presidente da AEB é função privativa do Ministro de Estado da Ciência e Tecnologia.

O Auditor Chefe é nomeado pela Controladoria-Geral da União.

O Decreto nº 4.718/2003 criou o cargo de Diretor-Geral que administrará a AEB em conjunto com o Presidente.