O Portal da Transparência não pode divulgar nenhuma informação acerca de servidores públicos ou contratos, pois são considerados sigilosos por natureza, e a publicidade se aplica apenas ao orçamento geral.

Os órgãos e entidades podem, de forma unilateral e sem justificativa, omitir do Portal da Transparência as informações que julgarem sigilosas, sendo responsáveis por publicar apenas o que consideram de interesse público.

Qualquer informação, uma vez inserida no Portal da Transparência, torna-se permanentemente pública, e a lei não prevê nenhum mecanismo para que os órgãos solicitem a restrição de publicação, mesmo em casos de sigilo legal.

Caso um órgão necessite restringir a publicação de uma informação sigilosa, ele deve solicitar a restrição à Controladoria-Geral da União, indicando o fundamento legal, e essa própria solicitação de restrição será tornada pública em uma seção específica do Portal.

A restrição de informações sigilosas no Portal é decidida exclusivamente pela Controladoria-Geral da União, por iniciativa própria, não sendo permitido que os órgãos e entidades solicitem a restrição de dados por eles produzidos ou custodiados.