O detector EDS não poder detectar H, He ou Li; as amostras precisarem ser examinadas sob vácuo e as amostras não condutoras precisarem ser previamente revestidas.

As amostras serem sempre sólidas; o ensaio danificar, irreversivelmente, a amostra e permitir poucos modos de imagem.

O tamanho da amostra ser limitado; a amostra precisar estar superficialmente úmida e o detector de EDS não poder detectar elementos metálicos.

O equipamento normalmente requerer um espaço para instalação de 5 X 5 m; impossibilidade de detecção da composição da amostra por interações de raios x e o tamanho da amostra ser demasiado grande.