As deliberações das Comissões Intergestores Bipartite e Tripartite ocorrem através de votação realizada entre os membros que representam a participação popular.

A Comissão Intergestores Tripartite e o Ministério da Saúde promoverão e apoiarão o processo de qualificação permanente para as Comissões Intergestores Bipartite.

Cabe ao Ministério da Saúde a proposição de políticas, participação no cofinanciamento, cooperação técnica, avaliação, regulação, controle e fiscalização, além da mediação de conflitos.

As Comissões Intergestores Bipartite são instâncias de pactuação e deliberação para a realização dos pactos intraestaduais e a definição de modelos organizacionais, a partir de diretrizes e normas pactuadas na Comissão Intergestores Tripartite.