São poderes do município o Legislativo, o Executivo e o Judiciário.

Embora goze de autonomia, a criação, a organização e a supressão de distritos em Água Santa dependem de autorização expressa do Presidente da República.

Uma das formas de expressão da autonomia municipal se dá pela decretação e arrecadação dos tributos de sua competência e aplicação de suas receitas.

Em Água Santa, a prestação de serviços públicos se dá exclusivamente por meio da administração indireta.

Os limites do município podem ser alterados pelo Prefeito Municipal após a autorização da Câmara de Vereadores.