O Conselho Fiscal, como órgão permanente da EBSERH, é composto por três membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados pelo Ministro de Estado da Educação, dentre os quais, um membro será indicado pelo Ministro de Estado da Saúde, que exercerá a Presidência do Conselho.

O mandato dos membros do Conselho Fiscal será de dois anos, contados a partir da data de publicação do ato de nomeação, vedada a recondução.

Salvo impedimento legal, os membros do Conselho Fiscal farão jus a honorários mensais correspondentes a vinte por cento da remuneração média mensal dos Diretores da EBSERH, além da indenização obrigatória para as despesas de locomoção, alimentação e estada necessárias ao desempenho da função.

Compete ao Conselho Fiscal analisar, ao menos trimestralmente, o balancete e demais demonstrações financeiras, elaboradas periodicamente pela EBSERH.

O Conselho Fiscal reunir-se-á, ordinariamente, a cada trimestre e, extraordinariamente, quando convocado pelo Presidente do Conselho de Administração.