A intolerância à lactose difere fundamentalmente da alergia à proteína do leite de vaca (APLV) por envolver uma resposta imunológica mediada por IgE na APLV, enquanto a intolerância à lactose é uma deficiência enzimática. Consequentemente, a restrição dietética na APLV é mais rigorosa e permanente, enquanto na intolerância à lactose, pequenas quantidades de lactose podem ser toleradas por alguns indivíduos.