A doença de Chron e a colite ulcerativa compartilham algumas características clínicas, tais como diarréia com sangue, presença de cálculos biliares e fístulas recorrentes, determinando procedimentos terapêuticos nutricionais bastante semelhantes.

A síndrome de intestino curto (SIC) refere-se às consequências nutricionais e clínicas resultantes de grandes ressecções do intestino delgado, cujo tratamento é o transplante de intestino e a instalação de nutrição parenteral total permanente.

O tratamento nutricional da doença celíaca, ou enteropatia sensível ao glúten, inclui a retirada de alimentos, tais como o trigo, a cevada, a soja e o feijão guandu, por conterem a fração de peptídeos específicos que desencadeiam a doença.

A intolerância secundária à lactose pode se desenvolver como consequência de infecções no intestino delgado, doenças inflamatórias, desnutrição e síndrome da imunodeficiência adquirida.