O Conselho de Administração é órgão de orientação superior da EBSERH e é composto por nove membros, nomeados pelo Ministro de Estado da Educação, dentre os quais dois membros são indicados pelo Ministro de Estado da Saúde, sendo que um será o Presidente do Conselho e outro será seu substituto, nas suas ausências e impedimentos.

O prazo de gestão dos membros do Conselho de Administração será de um ano, contado a partir da data de publicação do ato de nomeação, podendo ser reconduzido por igual período.

No caso de vacância do cargo de Conselheiro, o substituto será nomeado pelos Conselheiros remanescentes e servirá até a designação do novo representante, inclusive no caso do representante dos empregados.

Salvo impedimento legal, os membros do Conselho de Administração farão jus a honorários mensais correspondentes a cinquenta por cento da remuneração média mensal dos Diretores da EBSERH, além do reembolso obrigatório das despesas de locomoção e estada necessárias ao desempenho da função.

O representante dos empregados, no Conselho de Administração, não participará das discussões e deliberações sobre assuntos que
envolvam relações sindicais, remuneração, benefícios e vantagens, inclusive assistenciais ou de previdência complementar, hipóteses em que fica configurado o conflito de interesses, sendo esses assuntos deliberados em reunião separada e exclusiva para tais fins.