O Sitai é formado apenas por um órgão central, a Controladoria-Geral da União, que executa diretamente todos os programas e planos de integridade em cada órgão da Administração Pública federal.

O Sitai tem como órgão central a Controladoria-Geral da União e como unidades setoriais as assessorias especiais de controle interno, no caso da administração pública federal direta, que ficam sujeitas à orientação normativa e à supervisão técnica do órgão central.

O Sitai é composto por um órgão central, as ouvidorias federais, e por unidades setoriais, que são as corregedorias de cada entidade, responsáveis por aprovar o plano de integridade.

As unidades setoriais do Sitai, como as assessorias especiais de controle interno, são administrativamente subordinadas ao órgão central (Controladoria-Geral da União), perdendo o vínculo com o órgão ou entidade em que atuam.

O Sitai é composto por programas de integridade, planos de integridade e funções de integridade, que operam de forma independente em cada órgão, sem a necessidade de uma coordenação central.