Os órgãos estaduais e municipais participam ativamente do SISNAMA, colaborando na fiscalização e na implementação de políticas ambientais em suas respectivas esferas de competência.

O SISNAMA é composto exclusivamente por órgãos federais, que são os únicos responsáveis pela fiscalização e controle ambiental em todo o território nacional.

O Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) é um órgão consultivo do SISNAMA, responsável por assessorar o Ministério do Meio Ambiente.

O Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA) é um órgão colegiado, consultivo e deliberativo subordinado ao ICMBio, SISNAMA e CETESB, com a função de estabelecer normas e critérios para a implementação e execução da Política Nacional do Meio Ambiente e deliberar sobre diretrizes ambientais.

O Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA) é um órgão colegiado, consultivo e deliberativo subordinado ao ICMBio, SISNAMA e CETESB, com a função de estabelecer normas e critérios para a implementação e execução da Política Nacional do Meio Ambiente e deliberar sobre diretrizes ambientais.