Conforme a legislação, determina-se que 90% (noventa por cento) ou mais da área de cada Estação Ecológica será destinada, em caráter transitório, à preservação integral da biota.

As Estações Ecológicas serão implantadas e estruturadas de modo a coibir concorrência de estudos comparativos com as áreas da mesma região ocupadas e modificadas pelo homem.

Caberá ao Ministério Público Estadual, através do Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (INCRA), zelar pelo cumprimento da destinação das Estações Ecológicas.

Quando destinados aos trabalhos científicos e à manutenção da Estação, a autoridade responsável pela sua administração poderá autorizar o uso e o porte de objetos inicialmente proibidos, como armas e instrumentos de corte de árvore.

Prescinde de autorização a realização de pesquisas ecológicas que venham a acarretar modificações no ambiente natural, advindas de pesquisas científicas e outras atividades realizadas nas Estações Ecológicas.