Em geral, a EM analisa moléculas pela caracterização da abundância relativa das massas agregadas formadas por fragmentação do átomo precursor na fase gasosa.

Em geral, espécies químicas termolábeis, organometálicas e orgânicas com elevada polaridade e peso molecular são incompatíveis com a EM.

O espectrômetro de massas não apresenta sensibilidade e seletividade maiores que detectores espectrofotométricos comuns em cromatografia, mas gera espectros de massas individuais, por analito, cuja identificação é facilitada.

Aditivos não voláteis, como tampão fosfato, acima de 50 mmol L^-1, são preferencialmente usados na fase móvel em cromatografia com detector por EM, pois, ao volatilizar-se a fase móvel, favorecem a ionização do analito.

O EM, assim como espectroscopia de infravermelho (IV) e ressonância magnética nuclear de hidrogênio e carbono-13 (RMN de ¹H e ¹³C), é útil para elucidação estrutural de espécies químicas orgânicas compatíveis com a técnica.