Compete ao superintendente do hospital implementar o plano diretor da referida unidade hospitalar.

O número de gerências varia conforme quando se tratar ou não de hospitais universitários ou de ensino.

O superintendente do hospital será definido pelos membros da Diretoria Executiva da EBSERH, devendo possuir titulação acadêmica e experiência comprovada em gestão pública na área de saúde, com mandato de dois anos, podendo ser prorrogado uma única vez.

As gerências serão escolhidas pelo superintendente do hospital, em funções de livre nomeação e exoneração.

Faz parte do Colegiado Executivo das referidas unidades um representante do Ministério da Saúde; no caso de hospitais universitários ou de ensino, um representante do Ministério da Educação.