A segunda linha ou camada corresponde às atividades do Sistema de Controle Interno relacionadas no art. 74 da Constituição Federal de 1988.

O comitê mencionado no memorando cuidará das auditorias internas no âmbito da organização, sendo responsáveis por proceder à avaliação da operacionalização dos controles internos.

Hércules comporá instância destinada à supervisão e monitoramento dos controles internos da gestão; tal instância também pode se constituir de órgãos como diretorias ou assessorias específicas para tratar de riscos.

O servidor integrará e operacionalizará diretamente os controles internos da gestão, que visam propiciar o alcance dos objetivos da organização pública, no âmbito dos macroprocessos finalísticos e de apoio dos órgãos e entidades do Poder Executivo Federal.