Eliminação ou queima de restos culturais, incorporação de matéria orgânica no solo, fertilização, irrigação, densidade e época de plantio e/ou semeadura, eliminação de plantas vivas doentes (roguing) e solarização são alguns exemplos de controle cultural.

O tratamento de sementes com microrganismos antagônicos é um tipo de controle biológico, também chamado de microbiolização de sementes, que pode proporcionar controle de patógenos habitantes da espermosfera (superfície das sementes) e de patógenos veiculados pelo solo.

O uso de cultivares resistentes é o método de controle preferido pelos agricultores, pois, apesar de caro, é o de mais fácil utilização. Existem culturas que o controle da doença se dá quase que exclusivamente por resistência, como é o caso do carvão da cana-de-açúcar.

A calda bordalesa é um exemplo de produto químico, fungicida, a base de sulfato de zinco, muitíssimo utilizado no século atrás. Constituiu no marco decisivo para o início do controle químico de doenças.

O método físico mais conhecido, embora muito pouco utilizado, para controlar doenças de produtos frescos é a refrigeração. As baixas temperaturas destroem os patógenos que estão dentro e fora dos tecidos vegetais frescos, reduzindo o desenvolvimento de infecções existentes e evitando novas infecções.