Compete à Secretaria Federal de Controle Interno do Ministério da Fazenda, além de avaliar o cumprimento das metas estabelecidas no PPA e na LDO, promover a integração do SCI com outros sistemas da administração pública federal.

A área de atuação da Secretaria Federal de Controle Interno do Ministério da Fazenda abrange, além das funções de órgão central, todas as unidades e as entidades do Poder Executivo federal, excetuadas aquelas jurisdicionadas pelos órgãos setoriais, como o sistema de controle interno dos comandos militares, jurisdicionado pela Secretaria de Controle Interno do Ministério da Defesa.

Cabe ao SCI, nos casos em que a execução das ações ocorra de forma descentralizada, orientar os municípios acerca dos mecanismos de controle social de gastos; nos casos em que a execução for centralizada, o SCI, além de orientar, também avalia, posteriormente, os mecanismos de controle social dos gastos previstos nos programas de governo.

Enquanto ao SCI compete a avaliação de documentos e o acompanhamento da execução orçamentária registrada nos sistemas informatizados, as diligências, para obter informações e esclarecimentos dos gestores públicos sobre as razões que levaram à prática, pelos agentes públicos, de atos orçamentários, patrimoniais ou operacionais irregulares, são responsabilidades do controle externo.

O SCI deve avaliar o desempenho das unidades de auditoria interna das entidades da administração direta federal a fim de comprovar se estão estruturadas adequadamente, se realizam suas funções de acordo com os seus respectivos planos de trabalho e se observam as normas previstas no manual do sistema de controle interno do Poder Executivo federal.

Nos processos de tomada de contas especial, os órgãos do SCI seguem tanto as normas de controle elaboradas pelo próprio SCI quanto as normas emanadas do Tribunal de Contas da União (TCU).

Para comprovar a legalidade e a legitimidade dos atos e examinar os resultados quanto à economicidade, eficiência e eficácia da gestão orçamentária, financeira, patrimonial, de pessoal e demais sistemas administrativos e operacionais, o SCI avalia a gestão dos administradores públicos federais.

O SCI deve avaliar a execução dos orçamentos da União, a fim de comprovar se foi realizada de acordo com as destinações e os limites estabelecidos pela legislação.

Cabe ao SCI avaliar as aplicações das subvenções, a fim de avaliar o resultado da aplicação das transferências de recursos concedidas pela União às entidades, públicas e privadas, destinadas a cobrir despesas com a manutenção dessas entidades, de natureza autárquica ou não.

A aprovação do plano de trabalho é o primeiro passo para a celebração de convênio pelos órgãos ou entidades da administração pública. O plano de trabalho deverá conter as razões que justifiquem a celebração do convênio, a descrição do objeto a ser executado, as metas a serem atingidas e, quando envolver obras que exijam estudos ambientais, deverá conter também a licença ambiental prévia.