O Juizado Especial Criminal não é competente para a execução das penas ou medidas aplicadas em transação penal, salvo quando houver central ou vara de penas e medidas alternativas com competência específica.

Exceção da verdade e questões incidentais afastam a competência dos Juizados Especiais, se a hipótese não for complexa.

A possibilidade de aplicação de suspensão ou de proibição de se obter a permissão ou a habilitação para dirigir veículos automotores por até cinco anos (art. 293 da Lei nº 9.503/1997), perda do cargo, inabilitação para exercício de cargo, função pública ou mandato eletivo ou outra sanção diversa da privação da liberdade, afasta a competência do Juizado Especial Criminal.

O concurso de infrações de menor potencial ofensivo não afasta a competência do Juizado Especial Criminal, ainda que o somatório das penas, em abstrato, ultrapasse dois anos.