Classificação é a etapa em que o protocolo efetua a análise do documento a fim de identificar o seu assunto, classificando-o de acordo com o plano de classificação da instituição. É importante enfatizar que, nesta etapa, os envelopes das correspondências devem ser abertos pelo setor de protocolo, para que seja efetuada a sua classificação efetiva, desde que não sejam sigilosos ou particulares. Esses documentos de caráter confidencial só devem ser abertos por seus destinatários.

Registro e Autuação é a etapa em que o protocolo deverá fazer o controle da tramitação dos documentos, mediante sistema manual ou informatizado, no sentido de identificar os departamentos pelos quais passam os documentos. Tal controle sobre a movimentação dos documentos é importante para se saber em que local se encontra determinado documento em um dado momento, bem como para se consultarem os últimos andamentos realizados na sua tramitação.

Recebimento é a etapa em que o setor de protocolo recebe documentos provenientes de várias origens. Por exemplo, recebe correspondências advindas do correio, de malotes, assim como outros documentos encaminhados por terceiros à instituição. É, nesse sentido, a porta de entrada de qualquer documento enviado por terceiros à instituição.

Expedição/Distribuição é a atividade que consiste em enviar o documento ao seu destinatário. Chama-se de distribuição quando é interna, e expedição quando direcionada a outra instituição.